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                        • 如何通過Forcite Plus計算獲取準確的徑向分布函數圖?
                          1)首先確認計算時體系大小、力場參數、非鍵求和方法等是否合理; 2) 需對體系進行較長時間的動力學模擬,使體系充分的平衡后,再進行相關結果分析。 3)結果分析時,選取平衡后的體系軌跡進行相應的分析;軌跡幀數要足夠。 4)由于不同的原點間隔和長度(不要超過總長度的一半),都會產生不同量的統計樣本,調整不同參數試一下。

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                        • 使用Forcite Plus模塊計算擴散系數時需要注意哪些地方?求擴散系數時如何驗證此擴散符合愛因斯坦擴散?
                          1)進行擴散系數計算和獲取時,需注意以下內容: a、 首先需對體系進行較長時間的動力學模擬,使體系充分的平衡后,再進行相關結果分析。 b、結果分析時,選取平衡后的體系軌跡進行相應的分析,且軌跡幀數要足夠。 c、由于不同的原點間隔和長度,都會產生不同量的統計樣本,為了得到準確的擴散系數:以不同的初始結構進行重復多次模擬,計算得到平均MSD。 d、去掉MSD曲線中的非擴散區域(對于一個動力學軌跡,往往初始的,有時甚至是末尾的,并不符合直線關系,取模擬時間中間部分的符合要求的數據完全是可以的)。 2)確認的方法為:做log(MSD)-log(t) 圖,并進行線性擬合,驗證斜率m是否為1。斜率為1,表示為有效的擴散,即愛因斯坦擴散;當m<1時表示發生的是異常擴散。然后作 MSD-t 圖,并進行線性擬合,斜率除以6,即為擴散系數D。

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                        • 在Forcite plus模塊對軌跡文件進行分析時, Forcite Analysis對話框中的Concentration profile選項做出的圖,其縱坐標的單位是什么?Relative concentration 該怎么理解?
                          濃度Concentration是指單位體積內的原子數,在Forcite Analysis中進行Concentration profile分析時,體系被劃分為多個直方圖bins,每個直方圖的濃度都被考慮。相對濃度Relative Concentration是指某一方向上直方圖的濃度與整個體系濃度的比值,即原子的位置分布情況,是無量綱的。當且僅當所有原子質量相同時等價于密度分布。

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                        • 使用Forcite plus模塊進行動力學計算時,產生的.trj文件達1.6G,但是打不開。該怎么打開呢?
                          可嘗試將.trj文件轉為.xtd文件再進行打開,操作過程如下: 1)在MS Visualizer界面的計算結果文件中,找到和軌跡文件相關的.xsd文件,將此文件通過File-Export輸出為.msi的格式; 2)再將其通過File-Import導入到MS Visualizer操作界面內; 3)與.msi同一文件夾中,通過File-Import引入.trj文件,可將其轉換為.xtd形式。

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                        • 在Forcite Plus模塊中提交Dynamic計算任務時,計算失敗且錯誤提示為:Dynamics calculation - Deviation in total energy (50063.4 kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum (50000 kcal/mol),怎么調整參數避免報錯?
                          這個問題主要是計算過程中能量偏差過大造成的,可以做以下調整:1) 結構充分優化; 2)調整Time step數值大小;3)修改控溫、控壓方法;4)降低溫度。

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                        • 聲子計算失敗,結果文件PhonDisp.castep給出如下報錯信息: *ERROR* in PHONON calculation: Prerequisite GEOMETRY OPTIMISATION has not been performed or is not converged to sufficient accuracy. Maximum force |F|max = 1.015 eV/ ? Parameter GEOM_FORCE_TOL = 0.5000E-0
                          1)計算失敗主要是因為結構優化精度不足以達到計算的要求;建議提高結構優化的收斂標準,如結構優化more選項中能量的收斂標準調整到10-8eV,SCF中SCF tolerance調整到10-9eV。 2)可嘗試提交任務前,通過Files-Save Files提前獲取輸入文件,然后在輸入文件.param 中添加GEOM_FORCE_TOL : 0.07 ev/ang關鍵詞,再以Run Files方式提交計算任務。

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                        • CASTEP計算完能帶結構后,如何獲取費米能級、價帶頂和導帶底的具體能量值?
                          1)費米能級的獲取-可在單點能計算后獲取的.castep文件中獲取Fermi energy;或者計算能帶結構后,在計算文件存儲路徑中的文件夾找到bandstr.band隱藏文件,從中讀取Fermi energy具體值,此時的單位為au。 2)價帶頂和導帶底的獲取-可通過計算能帶結構后,在bandstr.castep文件(ms8.0以后的版本,查找bandstr.band隱藏文件)中進行查找。首先通過CASTEP-Analysis-Band structure獲取能帶結構圖bandstr.xcd,在圖中確定價帶頂和導帶低所處K點位置,然后在bandstr.castep文件中找到此K點坐標下對應的能量本征值;然后根據體系中所含價電子數目,計算出價電子填充的軌道數目(價電子數目/2),按照此數目找到的數值即是價帶頂的能量值,軌道數目+1即是導帶底的能量值。

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