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                        Pipeline Pilot 首頁產品中心Pipeline Pilot

                        產品名稱(英文):Pipeline Pilot

                        產品名稱(中文):強大的信息整合和流程定制的科學平臺

                        軟件廠家:BIOVIA

                        PDF介紹 :點擊下載

                        產品簡介:

                        Pipeline Pilot是美國BIOVIA公司旗下用于信息整合和流程定制的軟件,是一款功能強大的信息整合和流程定制的科學平臺,它在優化研究創新周期、提高工作效率與減少研究和IT經費方面能發揮巨大作用。通過Pipeline Pilot,用戶不僅能夠整合和挖掘雜亂無章的海量研究數據,自動化數據的分析流程,而且還可以實現企業級的研究成果快速分析、可視化與共享,提升大范圍的協作能力。

                        • 產品詳情
                        • 常見問題

                              Pipeline Pilot是美國BIOVIA公司旗下用于信息整合和流程定制的軟件,是一款功能強大的信息整合和流程定制的科學平臺,它在優化研究創新周期、提高工作效率與減少研究和IT經費方面能發揮巨大作用。通過Pipeline Pilot,用戶不僅能夠整合和挖掘雜亂無章的海量研究數據,自動化數據的分析流程,而且還可以實現企業級的研究成果快速分析、可視化與共享,提升大范圍的協作能力。 

                              Pipeline Pilot既支持簡單的數據格式(文本和數字),又支持復雜的科學數據類型(圖像、化學結構和生物序列)。科學的廣度與深度,再加上BIOVIA公司廣泛的合作伙伴,使得Pipeline Pilot能夠滿足眾多研究性工業的各種需求,包括制藥、生物技術、材料科學、個人消費品、石油、天然氣、汽車、航空航天、能源和國防。

                        Pipeline Pilot通過2種方法來優化研究創新周期。第一、為科學分析(綠色)提供專業的分析工具,第二、將手動和重復性的數據準備和采集工作(紅色)自動化和標準化。因此科學家和工程師能夠投入更多的時間和精力去運用專業技能和知識,從而更多地產生知識創新。

                         

                        Pipeline Pilot 已更新到9.1版本

                          •  升級后的客戶端運行和啟動速度更快。

                          •  加入大量新的科學組件。

                        1、化學方面

                             a) 添加了一些新的計算和預測方法。包括:Scaffold Tree、類藥性預測方法(QED)、可合成性分析(SAscore)

                             b) 多種語言的化學名稱結構轉換功能

                             c) 提升計算效率

                        2、文本分析方面

                             a) 支持更多的數據格式讀取和寫入

                             b) 改進搜索功能

                        3、生物信息學方面

                             a) NGS多方面的增強

                        4、圖形處理方面

                             a) 易用性的增強

                             b) 整合了更多的三方應用

                             c) 圖像處理的一些新方法

                        5、用戶權限管理方面

                             a) 專注于用戶權限管理安全性和易用性

                         

                        強大的數據處理能力

                              Pipeline Pilot能夠圖形化地定制符合您的要求的數據管理和信息挖掘等科研工作流程。Pipeline Pilot中包含了上千個功能的組件(Components),您可以根據自己的需求,將其組合成不同的數據處理流程(Protocols),實現各種功能,如數據檢索和處理,化合物各種性質的計算、篩選與顯示等。Pipeline Pilot平臺還提供了Web服務層接口,允許您將建立的數據處理流程部署在服務器上,通過Web向外界提供服務。

                              Pipeline Pilot擁有強大的數據處理引擎和靈活的架構,這使得它能完美地解決研發機構面臨的眾多難題。Pipeline Pilot具有以下功能:

                          •  對文本、數字和包括化學結構、生物序列和科學圖像在內的復雜數據結構進行數據管理、分析和生成報告。

                          •  對工程師、開發人員和領域專家來說,Pipeline Pilot是一個快速的應用開發環境,它幫助收集用戶需求并將之模型化,從而直接形成一個最終的產品系統。

                          •  提供可用于數據檢索、處理、過濾和顯示的可配置組件。

                          •  使用標準技術來構建自定義組件,這些標準技術包括SOAP/Web Services、Perl、Java和命令行方式。

                          •  提供一個靈活的、可配置的、面向服務的架構。

                          •  提供大量已由實踐檢驗的科學組件和最佳工作流,這些組件和工作流涵蓋了眾多的科學領域。

                          •  能夠整合第三方應用程序、數據庫和已有的常用科學工具,包括微軟SharePoint、微軟Office應用程序、化學制品注冊數據庫、圖像數據管理系統、在線數據庫(如PubMed和PubChem)、專利數據庫、RCSB(生物序列數據和蛋白質結構)和BLAST(序列數據庫)。Pipeline Pilot的開放式架構使得它能夠整合大量其它的第三方數據資源,包括ODBC、JDBC或網絡服務兼容的那些資源。

                        靈活的數據與應用程序整合能力

                              Pipeline Pilot通過一系列的標準化技術,能幫助您將各種不同格式的數據,如內部數據庫,文檔或任何從企業中獲得的數據組織成統一有序的信息,為您的決策提供有力依據。對于科研工作者,Pipeline Pilot還可以讀取各種通用格式的化學、生物序列、文本、圖像和數字信息并對它們進行實時的分析。同時,通過SOAPPerlJavaVB Script和命令行等方式,研究人員可以把工作相關的第三方軟件整合成為新的組件,建立更符合自己科研習慣和要求的數據處理流程,這些新組件將被自動整合為系統模塊組件的一部分,能以系統原有組件相同的方式與其他用戶共享使用。

                         

                        最佳流程的共享和部署能力

                              在Pipeline Pilot中,可以對數據處理流程實現自動獲取,注釋和版本編號,還可以方便地將建立的數據處理流程發布給其他研究人員,實現流程共享,使得團隊合作開發變得更加方便。為了進行更廣泛的交流,您甚至可以將您的數據處理流程通過Pipeline PilotWeb接口發布到網絡上,提供基于瀏覽器的使用方式,供更多人的交流和使用。

                         

                        可定制的報告和網絡應用的開發能力

                              在Pipeline Pilot中,可以使用表格、圖表、圖片和文字等定制數據報告,對數據分析和數據挖掘過程進行總結和展示,并按照您的意愿設計合適的報告布局和報告內容,從而更深入地解釋所獲得的結果。您在同一張報告中使用表格、圖表和圖像,可以從不同的視角上觀察同一份數據,或使用不同的方式對不同來源的數據進行相互比較,從而得出合理的結論,為最終決策提供依據。您還可以使用多種格式輸出報告,包括HTMLPDFWordPowerPoint

                              為了讓您的報告更加生動,您可以在其中加入Web交互元素,如報告內加入超鏈接,各種信息提示等。您甚至可以將幾個數據處理流程整合成為一個網絡應用程序,由最終用戶來決定顯示哪些數據和用哪種方式來顯示數據,而不需要最終用戶設計任何數據處理流程。

                         

                        系統架構和客戶端類型

                              Pipeline Pilot采用靈活的系統架構,其服務端支持Windows和Linux平臺,并可以按Client / Server(客戶端/服務器)和Browse / Server(瀏覽器/服務器)兩種模式來部署,使得各種流程和任務能夠方便地跨平臺(Windows/Linux)運行。

                         

                        Pipeline Pilot的主要科學模塊和說明如下:

                              Pipeline Pilot組件是構成科學信息平臺的一個一個 “積木”,它們被按照科學領域或功能進行分類。研究人員、開發人員和IT專家通過這些為數眾多的組件既能執行特定的科學分析,也可以進行常見的數據處理。他們以可視化的方式搭建分析流程,從而實現數據檢索、篩選、分析和生成報告等功能。

                         

                        Chemistry 化學

                        Chemistry Collection

                              Chemistry模塊提供了多種對化合物的篩選和學習方法,實現化合物的性質計算、分析和處理等功能,并能將您的化合物與其他數據庫中的化合物進行對比,發現其中性質獨特、結構新穎的分子。另外還能快速枚舉和分析組合化學的反應產物,識別一系列化合物中的公共子結構,實現第三方處理程序與Pipeline Pilot的無縫連接,自動執行對化合物的全部分析過程。該模塊支持絕大多數的工業標準化學格式,包括來自MDL的MOL、SD、RG、RXN、ISIS,來自Daylight的SMILES、SMIRKS、MARTS、TDT,以及常用的MOL2等各種表達化學結構的文件格式,并可實現各種格式之間的轉化。

                         

                        通過Chemistry模塊,用戶可以:

                          •  兼容大部分工業標準化學數據格式

                          •  計算眾多的分子屬性和指紋

                          •  標準化和處理分子結構

                          •  通過反應和RGroup枚舉組合化合物庫

                          •  枚舉產生生物等電體庫

                          •  使用Perl和Java工具包來創建新的化學組件

                          •  多個化合物庫的標準化和比較

                          •  子結構和相似結構檢索

                          •  化合物的聚類分析和多樣性分析

                          •  SAR分析和最大公共子結構檢索

                         

                        ADMET Component Collection

                              ADMET模塊能夠計算化合物在生物體內的吸收、分布、代謝、排泄和毒性特征,包含的模型有:人體腸內吸收預測模型、水溶性預測模型、血腦障礙滲透性預測模型、血漿蛋白結合率預測模型、細胞色素P450 2D6抑制率預測模型和肝毒性預測模型,此外,本模塊還能夠預測已知藥物的代謝產物。

                         

                        通過ADMET模塊,用戶可以:

                          •  快速計算化合物的ADMET性質

                          •  排除ADMET特性不佳的化合物

                          •  在合成之前,評估用于提高化合物ADMET屬性的純化方法

                          •  在化合物分析報告里整合ADMET屬性、實驗和其它計算屬性

                         

                        CheminformaticsComponent Collection

                              Cheminformatics模塊用于幫助搭建基于Pipeline Pilot化合物結構查詢和瀏覽的數據庫。該模塊包括兩個主要子系統:LMQS(List Management and Query Services),用于提供已有化合物數據庫的搜索和列表管理;PP Direct Chemistry Cartridge,基于Oracle的高性能化合物結構存儲和查詢的數據庫cartridge。使用該模塊,可以幫助企業搭建多種靈活高效的企業級化學信息學應用平臺。

                         

                        通過Cheminformatics模塊,用戶可以:

                          •  在不用考慮不同化學數據格式、數據庫設計和搜索引擎之間的差異的情況下,通過便捷的Pipeline Pilot數據庫檢索網頁客戶端或Web Port應用程序,在網頁上檢索大量不同的數據源。

                          •  無需修改內在數據庫設計和數據,就能方便地整合新的和已有的數據源

                          •  通過Pipeline PilotDirect Chemistry Cartridge,在Oracle數據庫里存儲和搜索化學結構和相互作用

                          •  建立用于Oracle數據庫里插入、索引和搜索化學數據的流程,而這一切無需用戶精通Oracle數據庫

                          •  利用Pipeline Pilot列表管理功能來創建流程,該流程能夠對搜索結果進行可視化、分析和生成報告,并且通過Pipeline Pilot數據庫搜索網頁客戶端使得化學家和生物學家都能訪問這些結果

                          •  創建基于Pipeline Pilot的搜索和瀏覽應用程序,從而簡化和加速研發進程

                         

                        Biology 生物

                        Gene Expression Component Collection

                              Gene Expression模塊在開源軟件BioConductor的基礎上,實現了基因表達實驗的數據處理、可視化、分析、標記和報告生成等一系列功能。利用Pipeline Pilot的圖形化數據處理流程設計能力,與BioConductor引擎相結合,可建立復雜的工作流程,同時也可將基因表達分析與Pipeline Pilot的其他功能的聯合,如序列分析、文本分析和報告生成等,以完成更復雜的工作,而這一切都無需任何編程工作。

                         

                        通過Gene Expression模塊,用戶可以:

                          •  分析和注釋基因表達實驗

                          •  無需編程和熟悉R語言,就能夠使用BioConductor工具

                          •  很容易地創建用于比較不同分析方法的流程

                          •  整合R/BioConductor和其它的Pipeline Pilot模塊的分析,包括R Statistics Sequence Analysis模塊

                          •  創建包含R產生的圖表和Reporting模塊分析結果在內的綜合分析報告

                          •  下載和分析GEO數據集

                         

                         

                        Sequence Analysis Component Collection

                              Sequence Analysis模塊通過180多種的序列分析組件提供了一整套的生物信息學工具,將模塊化工具與圖形化的設計方式結合,實現對蛋白質和核酸的序列的注釋和特征分析,序列搜索和比對,產生引物和擴增子,siRNA設計,發現限制性酶切位點等功能。同樣,本模塊可以通過JavaPerl建立新的組件來擴展系統功能,或通過與EMBOSS整合而實現功能的擴展。

                         

                        通過Sequence Analysis模塊,用戶可以:

                          •  自動化新序列數據的常規分析

                          •  跨物種比較基因和基因組

                          •  在分析流程中整合用戶的算法

                          •  ClustalWMuscleHMMBLAST分析

                          •  設計siRNA分析流程

                          •  在分析流程中整合E-UtilitiesEntrez查詢功能

                          •  和其它模塊結合進行更復雜的分析

                         

                         

                        Mass Spec for Proteomics Component Collection

                              Mass Spec for Proteomics模塊提供了一系列對基于生物質譜的蛋白組數據處理工具,可以對來自質譜實驗的數據進行讀入、輸出、顯示、處理、分析、比較和發布。可以和Sequence Analysis和Gene Expression模塊進行連用做其他實驗數據的分析以及生物標記的識別和驗證。

                         

                        通過Mass Spec for Proteomics模塊,用戶可以:

                          •  讀取多種數據格式,.RAW*、.wiff、 SEQUEST DTA、 ANDI (netCDF)、 Mascot MGF、或mzXML文件

                          •  以多種形式查看用戶數據,比如交互式的色譜圖、2D質譜運行圖、掃描圖、峰值圖、保留時間草圖和熱圖

                          •  使用X!Tandem進行蛋白質成分鑒定

                          •  使用XCMS提取、鑒定和比對不同圖譜間的峰值

                          •  以web port交互式的方式發布分析結果

                          •  計算2個樣本中蛋白豐度的ASAPRatio值

                        Next Generation Sequencing Component Collection

                              Next Generation Sequencing(NGS)模塊讓用戶能夠分析和解析目前大多數高通量測序儀產生的大量數據集。基于強大的Pipeline Pilot平臺,NGS模塊帶來了很多專門分析NGS數據的組件和流程,功能涉及序列拼接、reads定位、RNA-seq數據分析、多態性與結構差異查找以及reads篩選等多個方面,還可以整合其他更多的NGS程序和算法,一起構建NGS信息化平臺。

                         

                        通過Next Generation Sequencing模塊,用戶可以:

                          •  通過簡單的鼠標拖放操作創建和執行整套的新數據處理流程

                          •  通過定制的交互式網頁報告來評估分析質量和覆蓋率

                          •  為任何知識庫添加屬性,比如基因和dbSNP入口號

                          •  通過BWA、Bowtie或mapreads比對reads

                          •  通過Velvet執行de novo拼接

                          •  查找SNP、插入、刪除和拷貝數變化等信息

                          •  瀏覽用戶實驗的比對分析統計結果

                         

                         

                        Life Science Modeling & Simulation 生命科學建模和模擬*

                        Catalyst Component Collection (Pharmacophore)

                              Catalyst模塊包含了一整套藥效團建模和3D數據庫管理工具。Pipeline Pilot整合了著名的Catalyst技術用于創建自動和易用的工作流程,從而精簡了藥效團的建模和分析過程。通過建立自定義工作流來部署Catalyst的精密算法,這些算法用于生成構象、創建3D數據庫、產生藥效團和虛擬篩選等功能。

                         

                        CHARMm Component Collection (Simulations)

                              CHARMm模塊中的組件基于經過廣泛驗證的CHARMm引擎,這些強大的組件可以用來模擬生物分子,從而讓Pipeline Pilot的標準功能得以擴展,能為蛋白質、核酸、小分子和蛋白質配體復合物進行穩定而準確的分子力學和分子動力學模擬。

                         

                        * Life Science Modeling & Simulation的模塊通過Discovery Studio中提供,更多模塊功能和細節信息請參考Discovery Studio的相關資料。

                         

                        Materials Modeling & Simulation材料模擬

                        Materials Studio Component Collection

                              Pipeline Pilot中的Materials Studio(MSC)模塊,集成并支持Materials Studio(MS)中主要的建模和模擬工具,可以為材料研究的預測分析和自動化工作流程提供完整的軟件解決方案。與傳統的材料模擬不同的是,通過Pipeline Pilot,復雜的工作流程能夠被輕松迅速的開發、記錄和共享,同時在與Pipeline Pilot的其它Collection模塊相結合后,工作流能夠在不同的部門內部更加深化和部署。

                        MSC模塊使用戶可以通過Pipeline Pilot構建多種MS應用程序,包括:

                          •  量化工具(CASTEP、DMol3、VAMP)

                          •  分子力學模擬工具(Forcite Plus、Amorphous Cell)

                          •  晶體結構分析工具(Polymorph Predictor、Reflex、Reflex Plus)

                          •  聚合物性質計算工具(Synthia)

                          •  分子性質建模(QSAR)

                         

                        通過Materials Studio模塊,用戶可以:

                          •  采用屬性計算組件來構建流程,從而簡便地計算材料分子的復雜屬性

                          •  可以直接讀入和輸出Materials Studio支持的文件格式,與Materials Studio良好互動

                          •  整合來自Materials Studio的腳本(MS Perl Script)應用程序

                          •  擁有對周期性結構可視化和生成報告的工具

                         

                        Polymer Properties Component Collection (Synthia)

                              Polymer Properties (Synthia) 模塊提供了一系列方法,可以基于重復單元信息、分子量和溫度,對無定型聚合物和隨機共聚物的性質進行快速預測。該模塊提供了一種建立好的模型(來源于J.Bicerano’s  Prediction of Polymer Properties (Marcel Dekker, NY, 2002.))和一種擴展的模型供用戶使用。通過使用Polymer Properties (Synthia) collection,你只需要指定聚合物中單體重復的單元信息,并選擇你希望預測的性質就可以開始預測了。

                         

                        通過Polymer Properties模塊,用戶可以:

                          •  預測聚合物的眾多屬性,包括界面張力和交聯影響等

                          •  建立基于網絡的聚合物屬性預測應用

                          •  通過采用補充實驗數據和建立統計模型來提高預測的準確性

                         

                        Reporting & Visualization 報告和可視化

                        Reporting Component Collection

                              Reporting模塊為數據分析和挖掘工作定制總結報告。報告中可靈活使用表格、圖表、圖像和文字等各種元素,并通過對報告布局和報告內容的調整,能更清晰地解釋和闡述所獲得的結果。通過在一張報告內展示多種不同的表格、圖表和圖像,可以在不同視角上觀察同一份數據,或將不同來源的數據用不同的方式展示,從而方便對它們進行對比和分析。此外,Reporting模塊還可以用于設計Web網頁,加入各種Web頁面中常用的元素與用戶交互,從而滿足人們不同的要求。

                         

                        通過Reporting模塊,用戶可以:

                          •  總結和顯示來自多個數據源的數據

                          •  自動創建標準化的報告

                          •  創建始終處于最新狀態的報告和網絡應用

                          •  創建交互性極好的網絡應用來挖掘數據的深層信息

                          •  在網絡平臺上創建合作項目組的頁面

                          •  在文檔知識庫里創建文檔,例如SharePoint

                          •  提供對多來源數據的顯示界面

                          •  對任何類型的數據進行定制化的可視化

                         

                        Database & Application Integration 數據庫和應用程序整合

                        Integration Component Collection

                              Integration模塊提供了強大的集成功能,能夠把現有的內部或第三方程序以及數據庫無縫集成到Pipeline Pilot中,因而能充分利用現有的計算資源。被整合入Pipeline Pilot的應用工具可以像系統原有的模塊組件一樣被方便的使用。本模塊使用JavaPerl.NetVBScriptSOAP等技術將現有的內部程序或第三方程序作為組件整合入Pipeline Pilot,使用ODBC技術從諸如OracleSQLServer等數據庫中獲取數據,分析數據和生成報告,并能將結果直接存入數據庫。

                         

                        通過Integration模塊,用戶可以:

                          •  在自己公司的數據庫里直接更新數據和存儲結果

                          •  整合已有的內部和第三方程序

                          •  采用標準腳本環境來快速開發新組件

                          •  整合交互式的桌面應用工具

                         

                         

                        Imaging 圖像處理

                        Imaging Component Collection

                              Imaging模塊為圖片數據的加工處理、分析、測量和報告提供了一個直觀的企業級軟件平臺,增強了Pipeline Pilot圖像處理工作的流程自動化和可視化編程能力,能將圖像數據與數值、化學、圖片和文本數據整合成為統一的工作流程數據。可以用于高內涵篩選(HCS)中圖像的自動化分析、統計和處理。

                         

                        通過Imaging模塊,用戶可以:

                          •  創建自動化的流程用來分割、標注和注釋圖像和目標

                          •  測量多通道圖像中目標的數字和統計屬性

                          •  對圖像的象素值進行各種各樣的數學操作

                          •  在一個開放的平臺上兼容幾乎所有的標準圖像文件格式

                          •  能處理圖像和非圖像數據

                          •  擴大了Pipeline Pilot服務器架構的穩定性、部署和質量控制能力

                          •  在一個可視化和互動性良好的框架里,能很方便地處理和管理圖像

                         

                         

                        Analysis & Statistics分析與統計

                        Data Modeling Component Collection

                              Data Modeling模塊提供了一套用于學習和建模的工具,統計性的篩選器,以及專為大數據集優化過的分類工具,不僅能夠進行數據特征分析和挖掘數據,還能能夠幫助建立合理的具有預測能力的模型,為研究工作或商業決策提供咨詢。使用這部分組件,可以實現如快速數據分類、貝葉斯學習、主成份分析和偏最小二乘回歸等數據分析方法,與Chemistry模塊中的組件結合使用,可以實現結構-活性模型的構建、化合物分類和最大公共子結構查詢等功能。

                         

                        Data Modeling模塊里,用戶可以通過以下方法對數據進行分析和建模:

                          •  相似性和聚類分析方法

                          •  Categorical learning

                          •  主成分分析 (PCA)

                          •  Linear regressionpartial least squares (PLS) regressionk-nearest neighbor (kNN) regression

                          •  ROC圖、富集分析圖和其它用于評估建模質量的可視化技術

                         

                        Advanced Data Modeling Component Collection

                              Advanced Data Modeling模塊主要提供了遞歸劃分(Recursive Partitioning, RP)和多目標帕累托優化(Multiobjective Pareto Optimization)兩種數據建模方法。其中RP法中包含single treeforest tree學習法,能夠分別對單變量和多變量進行學習。帕累托優化組件可用于解決多目標的優化問題,為評價兩個或多個部分沖突目標之間的衡量標準提供解決方案。

                         

                        在Advanced Data Modeling模塊里,用戶可以通過以下3類組件對數據建模:

                          •  Recursive Partitioning組件(決策樹)

                          •  Genetic Function Approximation (GFA) 組件

                          •  Pareto Optimization組件

                         

                        R Statistics Component Collection

                              R Statistics模塊能對數據進行深入細致的分析,創建內容豐富、清晰直觀的分析圖表,幫助您做出合理的決策。R統計模塊包含的組件能夠實現數據操作、聚類、學習,以及一些傳統和探索性的數據分析方法,其統計引擎來自于在公共領域廣泛應用的R統計學軟件包。R統計學軟件包中的數據統計和分析方法被無縫連接到Pipeline Pilot數據流程中,用戶可以直接調用其組件而無需編寫R腳本語言,所獲得的輸出結果可以直接用Pipeline Pilot工作流程中的其它組件進行分析。本模塊中主要的學習方法有偏最小二乘法,神經網絡和支持向量機等。R腳本語言編寫的組件同樣可以直接整合到Pipeline Pilot中,從而擴展R模塊中的組件功能。

                         

                        通過R Statistics模塊,用戶可以:

                          •  在一個熱圖里顯示多個屬性的相關性,發現最相關者

                          •  使用箱線圖觀察數據在各個子集的分布情況

                          •  執行方差分析以決定多個數據集平均值的差異性

                          •  通過多種方法進行數據建模,比如支持向量機和人工神經網絡

                          •  應用自定義的模型對新數據集進行預測

                          •  允許隨著實驗數據的不斷獲得來擴展模型

                          •  采用多種不同的聚類方法

                          •  允許用戶對數據應用自有的R腳本

                         

                         

                        Document Search & Analysis 文檔挖掘和分析

                        Text Analytics Component Collection

                              Text Analytics模塊提供了很強的文獻檢索和文本資料挖掘的功能,將文獻檢索、特征數據提取和表征等步驟整合為一個自動化的流程,可以實現最具挑戰性的文本數據挖掘過程。通過整合文獻檢索和文獻描述到自己的科研流程中,達到交互或自動完成包括內部(本機)和外部(互聯網)文本數據資料挖掘的目的。

                         

                        通過Text Analytics模塊,用戶可以:

                          •  搜索PubMed、美國和歐洲專利、雅虎新聞、本地文件,還可以整合第三方的搜索引擎

                          •  使用一條查詢語句去搜索多個數據源

                          •  在本地文檔和在線文獻中提取關鍵概念或查找關聯性

                          •  根據內部和在線文獻,擴展日常生物和化學任務的注釋信息和相關性

                          •  發現新興的趨勢和關聯性,分析用戶領域的專利情況

                          •  創建豐富的、交互式的報告來挖掘用戶文檔中的深層信息

                         

                         

                        ChemMining Component Collection (Chemical Text Mining)

                              ChemMining模塊提供對內部(本機)和外部(互聯網)文獻的化學相關文本檢索功能,對受保護的知識產權進行全面的調查,從而避免研究人員進行重復的研究工作。本模塊中的組件能對文檔進行快速的檢索,為找到的化合物建立一份報告,并能將檢索到的化合物名稱轉化為化學結構式以方便后續的研究工作。另外,您還可以一次性處理大量的文件,并為搜索到的化合物建立數據庫以便查詢。將化學結構式檢索和文本檢索結合起來,可實現更具針對性的,更智能的檢索方式。

                         

                        通過ChemMining模塊,用戶可以:

                          •  根據在摘要、專利和內部文檔中發現的結構來創建可搜索的數據庫,用戶可以在其中進行智能查詢

                          •  搜索PubMed的摘要和專利來發現化學結構

                          •  從內部文檔和其它文件中查找化學制品名稱,包括自定義和公共的名稱

                          •  創建包含了已發現的結構和感興趣的術語的報告

                          •  建立整合了文獻和化學分析的靈活分析流程

                         

                         

                        Laboratory 實驗室數據分析

                        Plate Data Analytics Collection

                              Plate Data Analytics模塊提供了對孔板數據的讀、寫、報告、可視化、操作和計算等功能,數據處理流程中的每一條數據記錄都能夠對孔板上的單孔數據或整版數據進行處理。利用Pipeline Pilot的圖形化數據處理流程設計能力,無需編寫代碼就能實現如分析篩選結果這樣的復雜的數據分析過程,結合Integration模塊,還可實現孔板數據在數據庫中的存儲和讀取功能。

                         

                        通過Plate Data Analytics模塊,用戶可以:

                          •  定義了分析各種篩選試驗結果的自動化程序

                          •  在孔板內部和孔板之間執行統計計算,比如自動計算IC50曲線

                          •  Pipeline Pilot自身的工具、R統計或Graph Pad Prism方法進行劑量反應計算

                          •  可視化和數據挖掘孔板數據信息

                          •  通過與Integration模塊結合,直接從數據庫插入或獲得孔板數據

                         

                         

                        Analytical Instrumentation Collection

                              Analytical Instrumentation模塊提供對實驗室中的分析譜圖數據的獲取和處理。使用該模塊,可以對分析譜圖數據自動處理、產生報告,并且與其他部門共享。常用的譜圖處理功能包括:譜圖峰識別、峰面積積分、背景去除、平滑、傅里葉轉換等。而專門的NMR數據處理模塊,可以實現FID到化學位移的一步自動轉化,并可以從化學結構產生(同時支持C13和質子位移)NMR譜圖。可以讀入的譜圖格式包括JCAMP-DX、SPC、RheoML、AnIML,也支持Bruker和Varian的NMR格式。

                         

                        通過Analytical Instrumentation模塊,用戶可以:

                          •  更有效地在部門內部分享譜圖分析結果

                          •  通過固定重復的分析流程,整合分析算法和分享最佳的數據分析實踐來提高分析能力

                          •  創建能滿足用戶不斷變化需求的報告,從而降低譜圖分析的費用

                          •  整合孤立的數據,建立相互協作的研究環境

                         

                         

                         

                         

                        產品咨詢:

                        021-51821768轉219 (滬辦)

                        010-82676188轉213 (京辦)

                        ?  問:什么是Pipeline Pilot?

                             答:Pipeline Pilot是強大的科學信息集成、數據分析和流程定制平臺。


                         問:Pipeline Pilot有哪些特點?

                             答:A、 Pipeline Pilot能夠整合多種類型的實驗數據和軟件
                                   B、 把日常的科研工作分解成流程,把各種科學功能模塊化成Component(組件),以圖形化方式靈活地編寫Protocol(工作流程/任務),并可以方便隨時更改;
                                   C、 流程方便共享,并可以通過Web網頁來調用已經定制好的流程。


                         問:Pipeline Pilot有哪些科學模塊?

                             答:Pipeline Pilot擁有眾多科學模塊,包括:Chemistry化學、Biology生物、Life Science Modeling & Simulation生命科學建模和模擬、Materials Modeling & Simulation材料模擬、Reporting & Visualization報告和可視化模塊、Database & Application Integration數據庫和應用程序整合、Imaging圖像處理、Analysis & Statistics分析與統計、Document Search & Analysis文本挖掘和分析、Laboratory實驗室數據分析。


                         問:Pipeline Pilot的Component(組件)是什么?

                             答:Component是創建工作流的組成模塊。每一個component執行一定的功能,比如讀入數據、分析數據、輸出數據等。Component可能具有一個數據入口和最多兩個數據出口。每一個Component具有自己的參數面板,通過設置或改變參數來控制該component的功能。

                         

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